Angesiedelt in einem alternativen Amerika, in dem Hexen ihre Verfolgung durch ein Abkommen mit der Regierung beendet haben, um für das Land zu kämpfen, begleitet „Motherland: Fort Salem“ drei junge Frauen von der Grundausbildung bis zum Einsatz dabei, wie sie mit übernatürlichen Methoden gegen terroristische Bedrohungen kämpfen.